КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРОЦЕССА ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ АКТИВНОГО ЦЕНТРА ЦИТОХРОМА С С БИОРАДИКАЛАМИ

Abstract

В работе проведено компьютерное моделирование и рассчитаны характеристики реакции переноса электрона по Маркусу с биорадикалов O2-, NO и NO-на активный центр цитохрома с. Получены значения энергии активации .G., матричного элемента перекрывания донорной и акцепторной молекулярных орбиталей HDA, частотный фактор переноса ket и константа скорости переноса второго порядка k. Численные значения k для трех радикалов позволяют сделать заключение об эффективности их нейтрализации путем взаимодействия с активным центром фермента. Для супероксид-иона O2 - k = 6,32∙105 на расстоянии 5,02 Å, для монооксида азота NO k = 6,96∙106 на расстоянии 5,60 Å и оксоазанид-иона NO- k = 4,45∙101 на аналогичном расстоянии 5,60 Å. Следовательно, нейтральный радикал NO наиболее эффективно взаимодействует с активным центром за единицу времени, чем две другие представленные частицы. Расстояния переноса получены из кривых потенциальной энергии при сближении радикала с ионом железа. Полученные значения позволяют сделать вывод о том, что наиболее эффективно ион железа в гемовом белковом окружении способен дезактивировать супероксид-ион и монооксид азота.