Пожалуйста, используйте этот идентификатор, чтобы цитировать или ссылаться на этот ресурс:
http://elar.urfu.ru/handle/10995/26861
Название: | The generalized identification of truly interfacial molecules (ITIM) algorithm for nonplanar interfaces |
Авторы: | Sega, M. Kantorovich, S. S. Jedlovszky, P. Jorge, M. |
Дата публикации: | 2013 |
Библиографическое описание: | The generalized identification of truly interfacial molecules (ITIM) algorithm for nonplanar interfaces / M. Sega, S. S. Kantorovich, P. Jedlovszky [et al.] // Journal of Chemical Physics. — 2013. — Vol. 138. — № 4. |
Аннотация: | We present a generalized version of the ITIM algorithm for the identification of interfacial molecules, which is able to treat arbitrarily shaped interfaces. The algorithm exploits the similarities between the concept of probe sphere used in ITIM and the circumsphere criterion used in the α-shapes approach, and can be regarded either as a reference-frame independent version of the former, or as an extended version of the latter that includes the atomic excluded volume. The new algorithm is applied to compute the intrinsic orientational order parameters of water around a dodecylphosphocholine and a cholic acid micelle in aqueous environment, and to the identification of solvent-reachable sites in four model structures for soot. The additional algorithm introduced for the calculation of intrinsic density profiles in arbitrary geometries proved to be extremely useful also for planar interfaces, as it allows to solve the paradox of smeared intrinsic profiles far from the interface. © 2013 American Institute of Physics. |
Ключевые слова: | AQUEOUS ENVIRONMENT ARBITRARY GEOMETRY CHOLIC ACIDS EXCLUDED VOLUME EXTENDED VERSIONS INTERFACIAL MOLECULES INTRINSIC DENSITY INTRINSIC PROFILE NON-PLANAR INTERFACES ORIENTATIONAL ORDER PARAMETERS PLANAR INTERFACE MODEL STRUCTURES MOLECULES ALGORITHMS CHOLIC ACID DODECYLPHOSPHORYLCHOLINE DRUG DERIVATIVE PHOSPHORYLCHOLINE WATER ALGORITHM ARTICLE CHEMISTRY MICELLE MOLECULAR DYNAMICS ALGORITHMS CHOLIC ACID MICELLES MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION PHOSPHORYLCHOLINE WATER |
URI: | http://elar.urfu.ru/handle/10995/26861 |
Идентификатор SCOPUS: | 84873601436 |
Идентификатор WOS: | 000314725900011 |
Идентификатор PURE: | 901207 |
ISSN: | 0021-9606 |
DOI: | 10.1063/1.4776196 |
Карточка проекта CORDIS: | 104234 |
Располагается в коллекциях: | Научные публикации ученых УрФУ, проиндексированные в SCOPUS и WoS CC |
Файлы этого ресурса:
Файл | Описание | Размер | Формат | |
---|---|---|---|---|
scopus-2013-0098.pdf | 2,13 MB | Adobe PDF | Просмотреть/Открыть |
Все ресурсы в архиве электронных ресурсов защищены авторским правом, все права сохранены.